Giải bóng đá hạng Nhì Quốc gia mùa giải 2006 sẽ là cuộc tranh tài của 17 đội bóng đến từ ba miền Bắc - Trung - Nam của tổ quốc, trong đó có 2 đại diện của giải Hạng Nhất năm 2005 xuống hạng Nhì năm 2006, 4 đội hạng Ba năm 2005 xuất sắc giành quyền thăng hạng và 11 gương mặt cũ của giải năm trước.Các đội bóng tại mỗi bảng sẽ cùng nhau tranh tài để chọn ra đội bóng xếp thứ nhất của 3 bảng lên thi đấu tại giải hạng Nhất mùa giải năm 2007Mùa giải này, BTC không tổ chức trận Chung kết để xác định đội Nhất, Nhì chung cuộc như mùa giải trước mà sẽ tính điểm và các chỉ số phụ để xếp hạng Nhất - Nhì - Ba toàn giải cho 3 đội xếp thứ nhất tại ba bảng.[2]